Die Hanns-Lilje-Stiftung fördert auf vielfältige Weise.
- Sie realisiert eigene Projekte, z. B. das Hanns-Lilje-Forum, das sich aktuellen Themen der Zeit stellt.
- Die Hanns-Lilje-Stiftung ergreift die Initiative und regt Projekte an, die in Zusammenarbeit mit anderen Trägern verwirklicht werden. Eines davon ist der Schülerlandeswettbewerb in Zusammenarbeit mit dem Religionspädagogischen Institut Loccum.
- Die Hanns-Lilje-Stiftung fördert desweiteren Projekte dritter, die dem Stiftungszweck entsprechen und von unterschiedlichsten Institutionen und Personen organisiert, verantwortet und durchgeführt werden.