Wer wie die Hanns-Lilje-Stiftung den Dialog zwischen Kirche und gesellschaftlichen Gruppen fördern möchte, braucht Ideen. Im Idealfall kommen diese von einer kirchlichen Organisation, einer Kirchengemeinde, einem Kirchenvorstand oder aber von einem Wissenschaftler, einer Künstlerin oder anderen engagierten Menschen. Die Einzelpersonen oder Gruppen tragen ihre Idee in Form eines Antrags an die Stiftung heran.
Die Geschäftsstelle berät die Antragstellenden, führt sie mit kirchlichen oder nicht-kirchlichen Gesprächspartnern zusammen und holt sich gutachterlichen Rat dazu ein, ob aus der anfänglichen Idee ein förderwürdiges Projekt werden kann. Schließlich entscheidet das Stiftungskuratorium über den Antrag.