Nach ihm ist die Hanns-Lilje-Stiftung benannt.
Die Übernahme der Regierung durch die Nationalsozialisten begrüßte Lilje zunächst, doch ernüchterte ihn die kirchenpolitische Entwicklung. Auf Seiten der kirchlichen Opposition gegen das deutsch-christliche Kirchenregiment und völkisch-religiöse Bewegungen engagierte er sich schon bald.
Lilje bemüht sich um die Rückgewinnung geordneter Strukturen innerhalb der evangelischen Kirche.
Der sprachbegabte und zu einer vermittelnden Sachlichkeit befähigte Lilje prägte auch den institutionellen Aufbau der Ökumene maßgeblich mit.
Bei aller Traditionsverbundenheit konnte Lilje dem Auftreten der Kirche in der Öffentlichkeit in den Nachkriegsjahrzehnten neue Impulse vermitteln. Neben einer regen kirchlich-publizistischen Tätigkeit – Gründung der Zeitung „(Deutsche Allgemeine) Sonntagsblatt“ 1948 – setzte er in den fünfziger Jahren in Loccum Maßstäbe für die evangelische Akademiearbeit.
Lilje förderte entschieden den Deutschen Evangelischen Kirchentag. Zu den Reformvorstellungen, wie sie über eine revoltierende junge Generation nach 1968 auch die evangelische Kirche erreichten, fand Lilje keinen wirklichen Zugang mehr.
Lilje war eine der wirkungsvollsten Persönlichkeiten des deutschen Protestantismus in diesem Jahrhundert, dem weltweite Anerkennung zuteil wurde. Neben elf Ehrendoktorwürden von Hochschulen in aller Welt erhielt er zahlreiche andere Würdigungen, darunter das Großkreuz des Bundesverdienstordens.